カーボニックアンヒドラーゼとは、脱酸脱水酵素や炭酸デヒドラーゼとも呼ばれる酵素である。カーボニックアンヒドラーゼは二酸化炭素と水から水素イオンH⁺と重炭酸イオンHCO₃⁻を生成する反応を触媒する。口腔内では、漿液腺細胞から分泌されたカーボニックアンヒドラーゼを介して産生された重炭酸イオンがペリクルやプラークの酸を中和する。また、カーボニックアンヒドラーゼはカルシウム析出や口腔細菌の凝集を抑制するのにも関わっていると考えられている。

カーボニックアンヒドラーゼⅡは破骨細胞の細胞質に存在し、生成された水素イオンH⁺が波状縁下に輸送される。すなわちカーボニックアンヒドラーゼⅡは波状縁下が酸性に保たれて引き起こされる骨中無機質の溶解に寄与する。